京都大学ELCAS(エルキャス)

平成27年度以前のレポート

化学

化学の2012年10月20日の内容はこちら

実習指導

竹田 一旗(生物構造化学研究室 講師)

チューター

丹羽 智美(理学部4回生)
岸本 麻子(修士課程2回生)

ボランティア

なし

実施場所

理学部6号館 459号室

実習内容

タンパク質のX線結晶構造解析を体験してもらうために、リゾチームとバクテリオロドプシンの構造解析を行った。専用の解析ソフトを用いて、電子密度からタンパク質座標を決定し、得られた構造をもとに、タンパク質の立体構造の特徴について考察した。

各自持ち寄った問題を考えたりして休憩時間を過ごした測定データを処理する手法の説明

積分と無限和を駆使して素数の無限性が証明できたPC室にて実習内容の説明


位相の具体例を考えてみた
解析(タンパク質の構造構築)中


受講生の感想

  • 今日はリゾチームの構造を見ました。初めの計算は複雑で、よくわからないことも多かったのですが、どうしてそういう計算をするのか、ということについて分かりやすい説明をしていただけたので勉強になりました。計算後、側鎖を電子密度に当てはめるところは3Dのパズルのようですごく面白かったです。芳香族アミノ酸以外にもいろいろな種類のアミノ酸でやらせていただきました。自動モデリングを経てきれいになったモデルと基質の様子をみると、糖が切れる様子が良く分かりました。リゾチームだけでなくバクテリオロドプシンの構成まで見せていただき、本当に充実した体験でした。ありがとうございました。
  • 普段パソコンをあまり使うことがないので、扱い方が難しかった。リゾチームを電子密度に合わせてアミノ酸を当てはめていく作業に初めは手間取ったが、だんだん慣れてきて楽しかった。特に、糖鎖を当てはめるのは難しく、なかなか自在にコントロールできなかった。2週間前に作った結晶が大きくきれいな姿になって嬉しかった。タンパク質についてまだ知らないことが多いけど今回たくさんのことを目に見て知りとても勉強になった。
  • 今回は、モデルタンパク質の構造を知りたいたんぱく質の構造に近づけるということをしました。その際、コンピュータを使うということで、最初は戸惑いましたが、作業をしていくうちに慣れていき、今何をしているのだと思うこともありましたが、最後には何をしているのか分かりました。前回作ったリゾチームの結晶を見てみると、前回では味わえない感動をしました。
  • 今日は分子置換という方法でバクテリオロドプシンの結晶格子をコンピューターのソフトを使って表しました。コンピューターのコマンド操作からCOOTを使った構造の修正まで全く無知のことばかりだったがTAの方にに一から教えてもらい、最終的にはなんとか要領を掴んでソフトを使いこなすことができました。アミノ酸という普段身近なものもこんなに複雑な構造をしていることが驚きでした。この体験を将来研究するときに生かしたいと思います。今日はありがとうございました。
  • 先週の結晶と比較して、そのまま大きくしたように育っていて感慨深かったです。当たり前のことですが分子が整然と並んでいることを実感しました。バクテリオロドプシンは、分子と分子の結合が正六角形なのが、結晶の形からもうかがえて興味深かったです。分子の構造決定は,手間と時間がかかりそうなイメージがありましたが、意外と機械的な作業でもあり驚きでした。ありがとうございました。
  • 今回はパソコンを使ってリゾチームの解析をしました。自分で側鎖を当てはめる、という作業を行ったのですが、分子のモデルに合わせるのがとても難しくて大変でした。TAさんが軽々と作業をする姿がとてもかっこよかったです。自分も慣れることができるかな、と思いましたが、何回やってみても上手くいかなくて、少し悔しかったです。今回はタンパク質の深い部分まで知ることができて良かったです。タンパク質の結晶の写真を記念にもらったので、大切にしておきたいです。

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