京都大学ELCAS(エルキャス)

平成27年度以前のレポート

化学

化学の2010年11月20日の内容はこちら

実習指導

竹田 一旗(生物構造化学研究室 助教)

チューター

相川 佳紀(博士課程1回生)
花園 裕矢(修士課程2回生)

ボランティア

なし

実施場所

理学部6号館456号室

実習内容

タンパク質のX線結晶構造解析の流れについて講義を行った。その後、リゾチームの結晶化と緑色蛍光タンパク質構造のモデリングの二班に分かれ、それぞれ実験、解析を行った。

緑色蛍光タンパク質のモデリング緑色蛍光タンパク質のモデリング

タ講義の様子タ講義の様子


リゾチームの結晶化中リゾチームの結晶化中


受講生の感想

  • タンパク質の電子密度からアミノ酸の配列を考えるのは結構おもしろかった。普段の学校での実験と違って、パソコンを使ってするのは新鮮だった。おそらく学校では体験できないことなのでできてよかった。もう一つの結晶を作る実験ができなくて少し残念だった。まだまだわからないことも多かったのでいろいろ調べてみたい。
  • 今回はX線結晶構造解析で調べた電子密度に構造を当てはめた。蛍光タンパク質の一部のみあてはめたのですが、パソコンの画面を見続け、とても大変な作業だとわかりました。一つのタンパク質の構造解析に2~4年かかるということなので研究は時間がかかるものだと思いました。
  • 今回は主に実験をさせて頂きました。タンパク質の結晶を作る実験で試料の扱う量が非常に小さく苦労しましたが、実際にタンパクの結晶ができていて良かったです。「タンパク質」は生物学のような気がしていましたが、ここでの研究はX線などを用いたりしていて化学っぽさを感じられました。また機会があれば今回はできなかったパソコンを使った解析もしてみたいです。
  • 初めて、マイクロピペットを使用した。今までは、ミリリットル単位を使っていたのだが、今回は、その1000分の1であるマイクロリットル単位をたくさん使い、とても新鮮な感覚であった。自分で作った結晶はとてもきれいで濃度が濃いほどより大きくたくさんできることがよく分かった。
  • 今回はピペットマンという見たことのない道具を使ってµlというごく小さな単位を扱ったけど作業自体はそれほど難しくなく、なれると楽しかった。自分が混ぜたりした薬品が結晶になっているのを顕微鏡で見たときはきれいだと思った。
    さて、まじめな話はここまでで、おやつの時間が一番楽しかった。なぜか清水君がトランプを持っていたのでやろうと言ったら言いだした自分自身があやうくビリになるところだった。それと最後にブラックライトを当てたら光る緑色のタンパク質を見たときは感動して「クリスマスに使えばいいのに。」と思った。
  • タンパク質の結晶を作ったのははじめてだったけれど、食塩の結晶みたいに、透明できれいな結晶だったので面白かったです。マイクロピペッターを使う機会は少ないので、最初は戸惑っていたけれど、きちんと扱うことができたので良かったです。GFPも紫外線を当てると、意外に強く蛍光を示したのできれいでした。
  • タンパク質の主鎖と側鎖を電子密度のところにはめこむ作業は思ったよりもとても難しかったです。作業を覚えるのも大変でしたがつながりを考えながら地道にできてとても勉強になりました。タンパク質の構造を知るのは簡単なことではないと身にしみました。
  • 初めてミクロ単位で物質を扱いました。結晶を作るのに24通りも作成するとは思いませんでした。ピペットマンの使い方に慣れるのに時間がかかりましたが、3種類の液を混ぜたりと結晶を作成する過程が理解できたので良かったです。X線を通す機会の使い方もこの目で実際にしているところが見れて良かったです。ありがとうございました。

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