京都大学ELCAS(エルキャス)

平成27年度以前のレポート

生物

生物の2010年12月4日の内容はこちら

実習指導

篠原 渉 (gCOE 助教)

チューター

掛澤 明弘(修士過程2回生)
小森 晴香(修士課程2回生)

ボランティア

なし

実施場所

理学部附属植物園実習室

実習内容

シーケンサーで解読したDNAのデータ(プライマーによりいくつかに断片化されている)を、ソフトを使って結合させ、植物サンプルごとに塩基配列を決定した。それをWeb上のDNAデータベースで検索にかけ、植物の同定を行った。

解析に使うソフトの使用方法の説明を受けています。解析に使うソフトの使用方法の説明を受けています。

今回の実習の原理の説明を受けています。今回の実習の原理の説明を受けています。


自分のサンプルから得たDNAデータを、一つの配列へとまとめています。自分のサンプルから得たDNAデータを、一つの配列へとまとめています。


受講生の感想

  • 実際に遺伝子の配列を目で見ることができ、とても新鮮だった。そしてその遺伝子の配列から割り出した植物が、まさに自分の選んだ植物と合致した時は、ささやかな感動を覚えた。また、候補がいくつかあったが、それらと実物とのDNAがかなり酷似していて、こんな差で別の植物となるのかと驚いた。3回にわたり、とても面白い講義をありがとうございました。
  • 今日は、本物の植物の塩基配列を初めて見ることができました。かなり汚く出てしまいましたが・・・。今までのは、教科書などで少し造られたものを見る程度しかできなかったので、実物のものを見ることができてよかったです。しかし、1300もあってほんの一部とは驚きですが、その反面、たった4つの種類の塩基の組み合わせからこの複雑な生物の体が出来上がるなんて、いまだに信じられません。やはり生物は奥深いですね。だから面白いです。次回も楽しみにしています。
  • 今回の体験学習のコースでは前回の続きをしました。この前に取ってきたサンプルの塩基配列を調べ、その系統樹を見ました。今回はパソコン作業をしまして、普段あまりパソコンに触れているというわけではない自分はかなり苦労しましたが、周りの方々の助けをいただき、最後までたどり着くことができたのでほっと一安心しています。自分のサンプルがどの植物であるかわかった時はとてもうれしかったです。今回の体験学習コースも楽しかったので次回も楽しみです。
  • 今回は前回用意したサンプルの配列を調べ、DNAの配列から種類を同定し、各DNAを比較し、系統樹のようなものを作った。DDBJというサイトの存在を初めて知り、検索ができることをすごいと思った。また、その他の、DNA配列に関する、アプリケーションを使え、有意義だと思った。
  • 今日の体験学習コースでは、前々回、前回とやっていた実習の続きでした。コンピューターで配列を記入すると、DDBJではその配列の植物、またはそれに近いものを検索してくれました。検索された植物を、Googleで検索すると、確かに自分が使った植物だったので、とても感激しました。配列で植物が検索されるなんて、とてもすごいと思ったし、初めて知りました。DNAの配列は、他の人の違う植物と比較してみても、共通している部分がとても多かったです。葉の形や表面の様子などは、植物によって違うのに、配列はほとんど一緒なのに驚きました。今回はパソコンを使い、取り込まれたデータを読み込ませたり、自分が使った植物を検索したりしました。
  • 今日はずっとパソコンを使っていました。今までDNAを抽出したり、clean up したりと準備をしてきて、やっと結果が見れた!という感じです。塩基配列はA,T,G,Cが思った以上に多く並んでいて、少し見ていて目が疲れました。でも、検索して、自分が調べた植物に近いものが出てきたときは感動しました。ただ、学名で出てくるので、ぱっと見て何なのかは全くわかりませんでした。今日、パソコンを使っている間、英語だらけで、しっかり英語も身につけなければ!と思いました。

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