京都大学ELCAS(エルキャス)

平成27年度以前のレポート

生物

生物の2009年12月5日の内容はこちら

実習指導

篠原 渉助教

チューター

小森 晴香(修士課程1回生)
掛澤 明弘(修士課程1回生)

ボランティア

なし

実施場所

植物園の実験室

実習内容

目的:野外の身近な植物からDNAを抽出して、塩基配列を決定し、植物の同定を行う
第3回目は、前回ラべリング作業を行いシークエンスして、DNAの配列がわかったので、複数の配列を一つにし、データベースと照合して、自分が実験した植物が何か同定した。

パソコンをつかってDNAの配列をチェックしています。
パソコンをつかってDNAの配列をチェックしています。


これが、シークエンスの結果です。。
これが、シークエンスの結果です。。


データベースと照合すると、こんなにたくさんの植物がでてきました。このなかから妥当なものをみつけます
データベースと照合するとこんなにたくさんの植物がでてきました。
このなかから妥当なものをみつけます


受講生の感想

  • 今日は複数のDNAの配列を整理して1つにし、データベースと照合して、自分の調べていた植物は何かを調べました。自分のとった植物がなんの植物かわかってとてもうれしかったです。塩基配列ってすごい。
  • 今まで2回実験した結果がわかり、とてもワクワクしました。DNA配列がうまく読み取れなかったところが多くて少しショックでした。私が調べた植物の塩基配列をAGCTで4色をつかって波線状に表すと、終始抑揚がなく、ずっと一定のリズムのような感じで静かでした。とってきた葉はトゲトゲしていて、見た目とギャップを感じました。グラフを見て配列をチェックしているとき、チューターさんがとても頼もしかったです。最終的に私が調べた葉はアオキだとわかりました。
  • 今まで2回で実験をした結果が、こんなに簡単にPCでわかるなんて驚きでした。DDBJは初めてつかったのですが、私にとっては全くわからない塩基配列が、数秒で植物を特定できるので、とても便利だと思いました。しかし、植物の候補が多すぎて、特定するのが難しかったです。この3回の実験を通して高校では学べない多くのことが学べました。いくつか、もっと詳しく調べてみたいなと思いました。
  • 最初、パソコンを使ってDNAの解析をしました。そDNA情報をDDBJ(DNA Data Bank of Japan)で照合した結果、「ムクノキ」と出てきて、実際に自分が採った葉っぱとあっていたのでよかったです。今まで数々な作業をして、このDNAの配列の同定にまで至ったわけですが、最後に、このような結果となって本当に良かった思います。最後まで、作業を丁寧に指導してくださった担当の方やチューターの方々、本当にありがとうございました。
  • とってもおもしろかったです。ただ適当に”T”,”C”,”G”,”A”と並んでいるんじゃないということがわかりました。リボソームが活動を止めたりする暗号や開始する暗号があるという話も聞けて、楽しく実習で来ました。配列の整理も初めてしたけど、うまくできてよかったです。普段、自分が雑草だと思っていた植物にも、あたりまえだけど、ただの雑草じゃなくて、ちゃんと分類されているんだなあって思いました。
  • 実験のどこで失敗したのか…ちょっとショックです。でも、一応自分のデータから植物の種名が割り出せたし、失敗は成功のもとって言いますしね。
  • 私のDNAの配列は少しうまく読み取れていない部分があり、正しく読み取るのはパズルみたいで大変でした。しかし最終的には、DNA配列をデータバンクで照合した結果と、自分で選んだ葉の種名が一致したのですごくうれしかったです。二回分の実習の最終回ということで、結果が分かり達成感がありました。楽しかったですありがとうございました。

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